На жеребьевку команды выходили двумя корзинами:
«сильная», победители групп: Бавария, Барселона, Боруссия Д, Малага, Манчестер Юнайтед, Пари-Сен-Жермен, Шальке 04, Ювентус;
«слабая», вторые в своих группах: Арсенал, Валенсия, Галатасарай, Милан, Порту, Реал, Шахтер, Селтик.
Пары выстраивались снизу вверх слева направо: вначале из «слабой» корзины (вышедшие со вторых мест в группе) извлекался хозяин первого матча, потом ему из «сильной» подбирался соперник жребием из возможных. Запрещено сводить в пару команды из одной страны и игравшие в одной группе.
Галатасарай — Шальке 04
Селтик — Ювентус
Арсенал — Бавария
Шахтер — Боруссия Д
Извлеченный затем Милан автоматически, без жребия получил Барселону, так как в «слабой» корзине оставались еще два испанских клуба, которым нельзя встречаться с соотечественниками, а с Малагой миланцы были в одной группе.
Милан — Барселона
Реал — Манчестер Юнайтед
После этого оставшиеся пары могут быть составлены единственным образом, т.к. Валенсия не может быть с Малагой, но жеребьевка должна еще определить номер пары, по которому назначаются даты матчей.
Валенсия — ПСЖ
Порту — Малага